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Mikrophthalmie (von griech. μικρός = klein, οφθαλμος = Auge) bedeutet die angeborene, unübliche Kleinheit oder auch nur rudimentäre Ausbildung eines oder beider Augäpfel.
Die Mikrophthalmie ist i. d. R. genetisch bedingt (z. B. im Zusammenhang mit Trisomie 13 oder dem Peters-Plus-Syndrom) und kann zusammen mit anderen Hemmungsfehlbildungen auftreten.
Ein weiterer Auslöser kann eine Infektion mit Röteln in der Schwangerschaft sein.